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藏羊KAP1-3基因序列测序与多态性分析

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本文借助RT-PCR技术,使用手工拼接CDS序列,根据测序峰图筛选SNP位点,测序结果采用Bioedit进行校对、多序列比对及多态性分析。经预测发现藏羊KAP1-3蛋白有5种修饰位点,选择效应最高的几个基因组合中,均含L4-AB位点,由此可以简单判断为,该基因型对存在交互作用的位点各基因型具有加强作用,在分子标记时可作为加强因子考虑。

关键词:藏羊;KAP1-3;基因序列;多态性分析;更多范文
藏羊KAP1-3基因序列测序与多态性分析
本研究通过对藏羊KAP1-3基因和参考基因的核苷酸序列进行同源比对分析,发现藏羊与参考绵羊、藏羚羊、山羊KAP1-3基因的核苷酸序列同源性都较高,而与水牛KAP1-3基因的核苷酸序列同源性相对较低,但同源百分比均在92%以上,说明KAP1-3基因具有种属特异性和相对保守性。经预测发现藏羊KAP1-3蛋白有5种修饰位点。有研究表明KAP1-3蛋白是一种糖蛋白,有两个N- 糖基化位点(N-glycosylation site,ASN),为Asn27(是糖基化位点)和Asn37(不一定),糖基化与KAP1-3的抗原性有关(李北兵等,2010,黑龙江医药,23(3):407-408),本研究经预测发现该蛋白只有一个N-糖基化位点,为Asn27,而37位氨基酸为Asp。蛋白激酶C(protein kinase C,PKC)是一类重要的信号转导蛋白,能够调节淋巴因子的分泌及淋巴细胞的活化(Manicassa myetal.,2006);酪蛋白激酶Ⅱ(casein ki-naseⅡ,CKⅡ)通过对底物的磷酸化,进而实现信号的级联放大和传递(谢立苹,2012),推测这两种激酶可能与KAP1-3蛋白上相应的磷酸化位点结合后,使KAP1-3蛋白磷酸化,从而参与了KAP1-3蛋白在免疫反应中的信号传导。N-豆蔻酰化(N-myris-toylation)是豆蔻酰基转移到蛋白质N端形成酰胺键的一种蛋白修饰方式(许正平等,1998,生物化学与生物物理进展,25(1):5-6),能够使蛋白质定位于质膜的细胞质面,豆蔻酰化蛋白具有促进细胞生长、促进信号传导等功能(谢立苹,2012),推测KAP1-3蛋白可能通过豆蔻酰化位点定位于膜上,从而与树突状细胞等靶细胞的表面受体结合,发挥免疫调节作用。
在结果中还可发现:选择效应最高的几个基因组合中,均含L4-AB位点,由此可以简单判断为,该基因型对存在交互作用的位点各基因型具有加强作用,在分子标记时可作为加强因子考虑,从而为日后的分子标记工作提供了新的辅助因子。

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