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不同草乌品种其遗传多样性的分析

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对不同草乌品种其遗传多样性进行分析。【方法】 采集8个(2个栽培和6个野生)草乌居群样品,利用AFLP分子标记对草乌展开遗传多样性研究【结果】草乌 8 个居群共120个个体扩增共检测到536个位点,其中489个为多态位点。物种水平上,总期望杂合度(He)、Shannon多样性指数(Ho)和多态位点百分率(PPB)分别为0.3698、0.5409和91.23%;居群水平上,8个草乌居群的平均期望杂合度、平均香农多样性指数和平均多态位点百分率分别为0.3120、0.4855和86.03%。四川江油(JY)居群遗传多样性水平最高,各参数分别为0.3427,0.5292和89.74%,最低为留坝(LB)居群,三个参数分别为0.2883,0.4537和83.02%。从 UPGMA 聚类树上分析,江油(JY)和青川(QC)居群首先聚为一支,表现出了最高的遗传一致性,平武(PW)以及康县(KX)居群随后与前两个居群相聚。【结论】草乌无论栽培居群或野生居群总体上依然维持着较高的遗传多样性水平,在环境变迁和进化潜力方面,表现出很强的适应性。

关键词:草乌;遗传多样性;AFLP;更多范文
不同草乌品种其遗传多样性的分析
草乌总DNA经TE溶解后得到的原液大部分为无色透明液体,少数带黄褐色、褐色和棕色。产生这种情况可能是分子材料采集干燥过程没处理好,或者在提取DNA过程中尤其是在抽提时材料发生了部分氧化。有关草乌基因组DNA提取方面可参考的文献不多,侯大斌(2005)采用改进的SDS法所提取的乌头DNA基因组能满足RAPD分析的需要,并筛选出25ul最佳RAPD反应体系。张岳峰等(2008)采用两种CTAB方法对23种不同来源的乌头基因组进行提取,采用紫外、电泳和PCR-ISSR3种检测方法进行了比较,表明加入预处理液(0.4%葡萄糖,3%PVP聚乙烯吡咯烷酮)方法得到的DNA浓度和纯度较高,杂质少,ISSR分子标记扩增效果好。以上研究均无去糖buffer进行处理,其检测方法除常用的紫外和电泳检测外,仅针对RAPD和ISSR分子标记做了验证。
分析了这些因素后,在提取DNA时先用液氮使材料充分冷却脱水,加入PVP,尽可能迅速地将其研磨成粉末状,如果一次性研磨较多,可将多于部分放入-80℃备用,目的均为减少材料的氧化。由于草乌中还含有糖分和多种生物碱,先用去糖buffer处理十分钟后再进行65℃水浴,接着用氯仿异戊醇(24:1)进行多次反复抽提,所得到DNA在质量上有了很大改善,有效去除了DNA带色情况,为后续的实验工作顺利进行提供了保障。
用ND-1000 Spectrophotometer和琼脂糖凝胶电泳对DNA样品进行检测,大部分样品OD260与OD280比值约为1.8,为比较纯的DNA,琼脂糖凝胶电泳检测也验证了相同的结果,主带清晰明亮,杂质少。4对叶绿体引物rbcL、matK、trnH-psbA、psbK-psbI扩增片段长度在320-800bp之间,对所提取DNA进行扩增和测序,扩增成功率和测序成功率均为100%。ITS5-ITS4核基因片段扩增成功率也为100%,测序仅两个个体存在多拷贝产生套峰,碱基无法判读。AFLP分子标记扩增中,表现为扩增效率高,位点清晰。这些结果均证明了采用改良4×CTAB法提取草乌总DNA的可行性和优越性。

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